La tinción PAS se utiliza principalmente para el teñido de estructuras que contienen una alta proporción de carbohidratos tales como el glucógeno, las glucoproteínas, proteoglucanos que normalmente se encuentran en los tejidos conjuntivos, mucosas y membranas basales.
A menudo se utiliza para teñir biopsias renales, hepáticas ciertas tesaurismosis del glucógeno en músculos estriados y presuntas infecciones micóticas.